Ålesund havn har også lange tradisjoner og et godt rykte som cruisehavn og de siste årene har det vært en betydelig vekst innenfor dette området. Havnens beliggenhet er gunstig for fartøyer som seiler på Fjord-og Nordkappcruise.
Ålesundregionens havnevesen, en hovedsammenslutning bestående av kommunene Giske, Haram, Sula og Ålesund, trådte i funksjon med sin virksomhet 1. Januar 2005.